「ナイキ アルファフライ 3 」“プロトタイプ”カラーは、厚めのズームXフォーム ミッドソールを搭載することで、長距離を走る際、軽量ながら優れたクッショニングを提供してくれる。また「アルファフライ 3」シリーズとしては初めてソールの踵と前足部を連結させており、ランナーのペースや接地パターンに関わらず、踵からつま先へのスムーズな体重移動を可能にした。

前足部に2つ搭載したナイキ エア ズーム ユニットが、路面からの衝撃を和らげエネルギーを戻し、次の一歩を促してくれ、さらに幅を広くしたフルレングスのカーボンファイバー製フライプレートが、推進力と安定感のある走りを実現。

アスリートとのテストを積み重ねたナイキ独自の開発プロセスを感じさせるカラーは、全体は白く、前足部には2つのエア ズーム ユニットを強調するアクセントカラーを使い、ミッドソールの外側側面には着用テストへの貢献に敬意を表して記された参加アスリートの番号や、アトムニットの開発に試行錯誤を繰り返したバージョン数“V62”も刻まれている。